893 wird der Ortsname „Ballwil“–Paldivilare / Baldewile“ in früher Zeiten erstmals urkundlich erwähnt. Die Fraumünsterabtei in Zürich bezog von sechs Hofbesitzern Zinsen. 1275 erfolgt erste urkundliche Nennung einer Kirche in Ballwil, als eine Steuer zugunsten der Kreuzzüge erhoben wird.
Zu dieser Zeit waren die Ritter von Baldewile auf der dortigen Burg ansässig. Sie waren Vasalen der Grafen von Kyburg und jener von Lenzburg. Auf dem Hügel, der ihrer Burg gegenüber lag bauten sie für ihre Familie und ihre Leibeigenen eine Burgkapelle die sie zu Ehre der Gottesmutter Maria, der hl. Jungfrauen und Martyrinnen Margaritha, Barbara und Katharina, und des hl. Christopherus einweihen lassen. Die Burgkapelle besass bereits zu dieser Zeit den Rang einer Pfarrkirche – die in Urkunden als „ecclesia“ erwähnt wird. Im Sempacherkrieg 1386 wurden die Güter der Burgpfarrei schwer geschädigt. Da die Ritterfamilie ebenfalls um diese Zeit ausstarb, war die kleine Pfarrei die nur wenige Höfe umfasste ganz auf sich angewiesen und verarmte. Die „arm Greth“ (1454) wie sie im Volksmund genannt wird daher mit der Heiligkreuz-pfünde“ Hochdorf vereinigt. Es wurde vereinbart, die Vereinigung habe nur so lange zu dauern, bis jede der beiden Pfründe wieder im Stande sei, einen eigenen Pfrundinhaber zu erhalten. In der Übereinkunft wurde bestimmt, dass der Kaplan von Hochdorf am Samstagabend oder am Sonntag die hl.Messe lese. Dank grosszügigen Schenkungen von Franz von Sonnenberg (1671/1678) und weiteren Familienmitgliedern ermöglichten so eine erhebliche Pfrundaufbesserung. Die über 200 jährige Union mit der hl. Kreuzpfründe Hochdorf wurde mit der offiziellen Trennungsurkunde vom 16.Mai 1678 durch den Generalvikar des Bistum Konstanz in Kraft gesetzt.
Johann Heinrich Huetz war erster Pfarrer der wieder hergestellten Pfarrei. Unter Pfarrer Peter Jneichen und mit finanzieller Beisteuer der Fam. von Sonnenberg, Luzern, wird von 1711-1713 anstelle der kleinen Burgkapelle eine grössere Kirche gebaut. Sie war 89 Fuss lang und 30 Fuss breit und besass 286 Sitzplätze. 1758 zählt die Pfarrei Ballwil 135 Personen. Die alte grosse Pfarrei Hochdorf wird 1806 um mehr als die Hälfte verkleinert. Die derzeit kleine Pfarrei Ballwil erhält 88 Wohnhäuser mit 1530 Jucharten Grundbesitz. Ab Kirchgang Hochdorf sind nach Ballwil die folgenden Weiler und Höfe zugeteilt worden: Ottenhusen, Gibelflüh, Mettenwil, Obergerligen, Kürbsenhaus, Klän, Brand, Leebern, Fuhr, Wissenwegen, Rüti, Egerten - sowie die Höfe und Bewohner der alten Pfarrei im Dorfkern (vor 1806).
Als Wahrzeichen der vergrösserten Pfarrei wird 1815 ein neuer Kirchturm gebaut, 43m hoch und mit 4 Glocken ausgestattet. Auf Initiative von Pfarrer Xaver Herzog (de alt Baubeler) wird eine neue Kirche gebaut, im Stil der „Münchner Romantik“ Architekt Johann Seidl, Straubing D. Grösse: 28,80 m x14,40m 500 Sitzplätze (1846-1847). Die Pfarrei Ballwil zählt im Jahre 1852 total 1117 Personen.
Der Innenraum des Kirchenschiffs wird nach erfolgreicher Geldsammlung von Pfarrer Josef Grüter durch das Malergeschäft Messmer, Basel im byzantischen Dekorations Stil ausgemalt. 17 Biblische Decken- und Apostel Medaillonbilder von Kunstmaler Josef Boss, Bregenz/A - ergänzten den Kirchenraum. 1917 wird der katholische Mütterverein, Jungfrauen- und Jungmänner-Kongregation auf Initiative von Pfarrer Alois Rebsamen gegründet. 1976-1977 wird die Pfarrkirche Ballwil wird nach den Plänen Johann Seidl von 1848 gesamtrestauriert und renoviert. Architekten sind Moritz Räber + Dr.Günthar Zimmermann aus Luzern. 1991-1992 erfolgt die Gesamtrenovation der Kapelle Gibelflüh. Im Jahre 1997 wird die Pfadi St. Margarethen gegründet. Im 2008 erfolgt ein neuer Glockenguss (1300kg) als Ersatz für die rissgeschädigte Glocke von 1815 – bei Glockengiesserei Grassmayr, Innsbruck (8. Februar). Die Gedenkfeier zum 200.Geburtstag von Xaver Herzog (1810-1883) findet im 2010 statt. 2005 zählt Ballwil ca. 2100 Katholiken. Ab 2014 Vorgespräche zu einem Pastoralraum „Eschenbach, Inwil, Ballwil.